醫藥中間體工藝廢水經三效蒸發裝置蒸發脫鹽后全部回用于生產，因此，需進入污水處理設施處理的均為氧化工序工藝廢水。氧化工工序藝廢水中主要污染因子為COD、SS、總銅、揮發酚及鹽等，先經三效蒸發裝置蒸發脫鹽處理，廢水中大部分污染物質將留在鹽渣中，僅乙醇及少量2,6-二甲基苯酚（揮發酚）高溫蒸發進入后續冷凝水中。
廢水工藝流程說明
工藝廢水進入集水池中暫存，在酸化池將廢水pH值調整至3-5，隨后廢水進入微電解池中，廢水在池內發生微電解反應，將廢水中大分子有機物電解為較小分子量的有機物。鐵的還原能力很強，能使某些有機物還原成還原態，甚至斷鏈。當把鐵粉和碳粉放入電解質溶液中時，發生如下電極反應 ：
陽極 (Fe)：2Fe→2Fe2++4e－，ψ(Fe2+、Fe)=0.44V；
陰極(C)：4H ++4e－→[4H] →2H2，ψ(H+、H2)=0V；
當水中有溶解氧時：O2+2H2O +4e 一→4OH 一，ψ(O2、OH－ )=0.4V；
由上述反應式可知，在偏酸性有氧的電解質溶液中，電位差最大，反應進度快，大量的Fe2+進入溶液中。鐵炭顆粒浸沒在水溶液中時，鐵是活潑金屬，會與碳之間形成微小的原電池，進而在其周圍產生一個空間電場。利用鐵炭可產生電位差為1.2V左右的空間電場．因此將鐵－炭放入穩定的膠體溶液中，可在零點幾秒至幾十秒之內完成電泳沉積過程。另外，電極反應產生 Fe2+，在有氧存在時，部分 Fe2+轉變成 Fe3+。新生成的 Fe2+和 Fe3+都是良好的絮凝劑，具有較高的吸附絮凝活性。廢水再進入氧化池進一步處理，隨后在pH調節池中通過投加NaOH藥劑將pH回調至9左右，以保證后續的混凝沉淀效果。在絮凝沉淀池內PAM、PAM，將廢水中的懸浮物聚集成大礬花的沉積物，隨后在沉淀池內進行固液分離，污泥排放污泥儲池，上清液流入調節池與車間地面清潔廢水混合繼續處理。
混合廢水在調節池均衡污水的水質、水量和pH值，再進入沉砂池去除泥砂，隨后自流進入水解酸化池，在微生物的作用下將有機物水解成小分子有機污染物，降解部分有機污染物，并提高廢水的可生化性，為后續好氧生物處理提供基礎。經水解酸化處理后的廢水，進入接觸氧化池，池中比表面積較大的填料因曝氣在水中自由運動，污水連續經過裝有填料的反應器時，在填料上生長形成生物膜，生物膜上微生物大量繁殖，異養和自養微生物利用水中的 C、N、P等進行新陳代謝，起到凈化污水的作用。隨后經過二沉池，將隨廢水流出的活性污泥沉淀，上清液進入清水池后，再進入排放水槽達標排放。
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